آزمایشگاه میکروبیولوژی، به عنوان یکی از بخش‌های مهم کارخانه وظیفه شناسایی باکتری‌های پاتوژن و شمارش برخی میکروارگانیسم‌ها را در تمامی فرآورده‌های آرایشی ـ بهداشتی بر اساس آخرین متدهای ISO بر عهده دارد.آزمایشگاه میکروبیولوژی شامل دو گروه کاری می‌باشد: الف) گروه بیوتکنولوژی و میکروبیولوژی مواد ب) گروه کنترل میکروبیولوژی محصولات آرایشی ـ بهداشتی میکروبیولوژی آرایشی ـ بهداشتی کنترل میکروبیولوژی آنتی میکروبیال‌ها میکروبیولوژی کنترل عفونت و ایمنی بهداشت گذشته از آزمون‌های معمول بر روی نمونه‌ها، آزمایشگاه میکروبیولوژی وظیفه نظارت روی محصولات پس از ورود به بازار (PMS)، را نیز بر عهده دارد. ردیابی ویروس‌ها و پریون‌ها و استفاده از روش‌های دستگاهی و اتوماتیک از جمله اقدامات پیش‌روی آزمایشگاه است. تست‌های شمارش: شمارش پاتوژن های میکروبی و غیرپاتوژنهای شاخص بهداشتی در فراورده آرایشی و بهداشتی با روش‌های کشت سطحی، MPN، فیلتراسیون براساس مرجع روش‌های معتبر بین المللی (ایزو) شمارش ریسه های کپک برای تخمین آلودگی قارچی اولیه در فراورده ها مطابق با مرجع روش‌های معتبر بین المللی (ایزو) تست‌های شناسایی بر اساس آخرین متدهای ISO و استانداردهای ملی Salmonella, E.coli, Enterobactericea, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Enterococci, Pseudomonas aeruginosa, Clostridium ,Yersinia enterocolitica, Campylobacter Jujeni, Listeria monocytogenes ,Brucella,Cronobacter sakazakii, Fungi, Probiotics.) در ، آرایشی و بهداشتی براساس مرجع روش‌های معتبر بین المللی (ایزو) تأیید شناسایی پاتوژن‌های میکروبی در فرآورده های آرایشی و بهداشتی با استفاده از روش سرولوژیک و استفاده از آنتی سرم‌ها تأیید شناسایی پاتوژن‌های میکروبی در فرآورده های آرایشی و بهداشتی با استفاده از روش میکروژن و استفاده از نرم افزار تشخیصی آن شناسایی ملکولی پاتوژن‌های میکروبی در فرآورده های آرایشی و بهداشتی براساس مرجع روش‌های معتبر بین المللی (ایزو) شناسایی سموم پاتوژن های میکروبی تست‌های اثرگذاری آنتی میکروبیال‌ها تعیین اثربخشی انواع آنتی میکروبیال ها براساس مرجع روش‌های معتبر بین المللی(ایزو)